经过净水处理后，细菌、病毒、有机物和异味无法很好地清除。因此，必须进行消毒。消毒的目的是水中的有害病原微生物（病原体，病毒等），并防止水传播造成的危害。在将煤矿用水作为生活用水进行处理时，目前主要的方法是用氯消毒。消毒剂主要包括：、漂白剂、、次等。

煤矿产生的污水是复杂且不断变化的，矿井本身的废水中含有铁和锰等重金属，有机物和非金属污染物以及悬浮固体。不同的开采层，废水的性质也不同，甚至差异很大。

污水处理厂必须符合城市总体规划和排水工程规划的要求，并应根据以下因素综合确定：

1.建于城市水源的下游；

2.便于处理完成的水回用及安全排放；

3.方便污泥的集中处置；

4.需在城市夏季主导风的下风侧；

5.良好的地质条件，方便施工；

6.尽量选用占地少，拆迁少的地点，并根据环境评价要求，有一定的卫生防护距离；

7.预留出扩建的可能性；

8.厂区地形不受洪涝灾害影响，防洪标准不低于城市防洪标准，排水条件良好；

9.交通运输方便，良好的水电条件。

接收患者或疑似患者诊疗的机构以及相关单位产生的污水应加强杀菌消毒，强化污水处理设施的运行管理和工艺控制，采取相应的措施，确保污水达标排放。对于未建设污水处理设施的相关单位，应参照《医院污水处理工程技术规范》《医院污水处理技术指南》等，因地制宜建设临时性污水处理罐（箱），严格禁止污水直接排放或处理未达标排放，不得将固体性废物、各种化学废液直接排入下水道。

（二）强化消毒灭菌，控制病毒扩散

对于产生的污水有效的消毒方法是投加消毒剂。目前消毒剂主要以强氧化剂为主，这些消毒剂的来源主要可分为两类。一类是化学药剂，医院污水常采用含氯消毒剂(如次、漂、、等)消毒、过氧化物类消毒剂(如等)、臭氧消毒等措施。另一类是产生消毒剂的设备。应根据不同情形选择适用的消毒剂种类和消毒方式，保证达到消毒效果。